מוזיאון נתניה יקיים עבור ילדי העיר 21 תוכניות חינוך, העוסקות במורשת העיר, במייסדיה, בענף הפרדסנות, בנושא ההעפלה, בהכרת אתרי המורשת והסביבה שבה הם מתגוררים כמו גם תוכנית העוסקת בדילמות בנושא תכנון נתניה העתידית. כמו כן יופעלו תוכניות בנושא קיימות וכן בקיימות, צרכנות וצרכנות נבונה בשיתוף ארגון ויצו.
תוכנית חדשה תעסוק במלאכות שנעלמו מהעולם . כמו כן – לראשונה יזם צוות המוזיאון תוכניות אינטראקטיבייות, חדר בריחה וניווט אינטרטקטיבי.
תוכנית המיועדת לבוגרים – 'שיק של שוק' – תאפשר הכרת הייחודיות של השוק ודרכי התנהלותו.
